Η ΜΟΔΙΠ διαρθρώνεται εσωτερικά από: α) την Επιτροπή Διασφάλισης Ποιότητας και β) την Υπηρεσία Διασφάλισης Ποιότητας.

Η Υπηρεσία Διασφάλισης Ποιότητας του Ιονίου Πανεπιστημίου στελεχώνεται με διοικητικό προσωπικό του Ιδρύματος. Λειτουργεί σε επίπεδο Αυτοτελούς Τμήματος και προΐσταται αυτής υπάλληλος του ΑΕΙ, ειδικότητας ή κλάδου, που καθορίζεται στον οικείο Οργανισμό.

Στην Υπηρεσία υπηρετεί το ακόλουθο προσωπικό:
-    Γεώργιος Ζαχαράκης, αναπληρωτής Προϊσταμένου.